Présidé par Valérie Pécresse, également Présidente de la Région Île-de-France, le conseil d’administration est composé d’élus locaux (Région, Département et Ville de Paris). Il vote les mesures permettant d’assurer le bon fonctionnement du réseau d’Île-de-France Mobilités et sa modernisation progressive.
Île-de-France Mobilités est composée de plus de 400 personnes dirigées par Laurent Probst, son Directeur Général.